فصل بعد فابیو کاپلو به عنوان سرمربی تیم اصلی یوونتوس بر سر کار آمد. بازیکنان جدیدی در این فصل از جمله، امرسون، فابیو کاناوارو و زلاتان ابراهیمویچ به جمع بیانکونری پیوستند. عملکرد تیم در رقابت های اروپایی مطابق انتظارات نبود. اما یوونتوس در ایتالیا غیرقابل مهار بود؛ زیرا توانست به دو قهرمانی پی در پی دست پیدا کند و رکوردها را جا به جا کند. اگرچه در پایان فصل ۲۰۰۵-۲۰۰۶ باشگاه درگیر یک جریان قضایی شد که بر اساس مکالمات ضبط شده تلفنی ایجاد شده بود. جریانی که کالچوپولی نام گرفت باعث تغییرات بزرگی در یوونتوس از جمه انتخاب جووانی کوبولی جیلی به ریاست باشگاه و جان کلود بلان به عنوان مدیر اجرایی شد. هیات ورزشی یوونتوس را به یک فصل بازی با کسر ۹ امتیاز منفی در سری ب محکوم کرد. همچنین دو اسکودتوی یوونتوس در فصول قبل از باشگاه بازپس گرفته شد. دیدیه دشان به عنوان سرمربی جدید یوونتوس کار خود را در کنار هسته ای از قهرمانان آغاز کرد. این هسته شامل دل پیرو، بوفون، کامورانزی که از قهرمانی جام جهانی در برلین سرخوش بودند و همچنین ندود و ترزگه بود. ۱۵ دسامبر سال ۲۰۰۶ روز تلخی برای یوونتوس بود؛ چرا که السیو فراموسکا و ریکاردو نری دو تن از بازیکنان تیم جوانان در جریان یک تصادف تراژیک در مرکز وینوو کشته شدند. هفته بعد از با وجود این که باشگاه را غم در بر گرفته بود تیم اصلی در بازی مقابل بولونیا به پیروزی دست یافت. این پیروزی علاوه بر اینکه یک برد بسیار اساسی برای صعود به سری آ بود، به عنوان یادبود این دو بازیکن جوان نیز به ثبت رسید. الکس دل پیرو فصل را با کسب عنوان بهترین گلزن سری ب و همچنین بهترین گلزن تاریخ یوونتوس به پایان رساند.